22 Jahre lang wirkte Werner Piller an der Universität Graz, von 1999 bis 2011 leitete er das Institut für Geologie und Paläontologie bzw. das Institut für Erdwissenschaften und setzte sich unter anderem dafür ein, das in Graz die österreichweit erste Professur für Hydrogeologie geschaffen wurde. Seit 2011 ist er wirkliches Mitglied der Österreichischen Akademie der Wissenschaften.
Internationale Kontakte, eine gute Vernetzung mit der Wirtschaft, die Leitung von mehr als 20 Forschungsprojekten und die Mitgliedschaft in zahlreichen akademischen Gremien zeichnen Piller aus. Im Zuge seiner Emeritierungsfeier Anfang Oktober überreichte ihm NAWI-Dekan Karl Lohner daher in Vertretung des Bundespräsidenten das Große Silberne Ehrenzeichen für Verdienste der Republik Österreich.
