Das Organigramm zeigt die Struktur und Organisation von NAWI Graz:

Geleitet wird die Kooperation vom NAWI Graz Steering Committee, das sich aus zwei Vizerektor:innen und sechs Fachdekan:innen der beteiligten Fakultäten beider Universitäten zusammensetzt. Damit ist die Kooperation in die Linienorganisationen beider Häuser integriert. Dem NAWI Graz Steering Committee steht das NAWI Graz Koordinationsbüro unterstützend zur Seite. Externe Beratung wird vom Scientific Advisory Board geleistet. Die inhaltliche Umsetzung von Vorhaben erfolgt in den fünf NAWI Graz-Bereichen, denen die relevanten Institute der TU Graz und der Uni Graz angehören